Xây dựng từ cuối thời Lê - thế kỷ 17 (khoảng năm 1701) và được trùng tu, tôn tạo lớn vào năm Minh Mạng thứ 20 (Kỉ Hợi - 1839) trên nền của ngôi chùa cổ Nguyệt Đường[3][4], xã Nhân Dục, tổng An Tảo, huyện Kim Động xưa, nay là phường Lam Sơn, thị xã Hưng Yên, tỉnh Hưng Yên.[1]

Dấu tích còn lại đến ngày nay là 2 tháp đá: Phương Trượng tháp và Tịnh Mãn tháp.

Hiện tại Văn miếu đang thờ Khổng Tử, người được suy tôn là "Vạn thế sư biểu", và các chư hiền của Nho gia. Cùng thờ với Khổng Tử là Chu Văn An, người thầy giáo, người hiệu trưởng đầu tiên của Trường Quốc Tử Giám.

Trước cách mạng tháng Tám năm 1945, Văn miếu Xích Đằng là cơ sở hoạt động bí mật của Trung ương, xứ ủy Bắc kỳ, tỉnh ủy Hưng Yên.

Năm 1992, Văn miếu Hưng Yên được Bộ Văn hóa - Thông tin xếp hạng là di tích lịch sử.